Fakultet je, kao nositelj doktorskog studija, najstarija visokoškolska hrvatska ustanova u polju pravnih znanosti i, sukladno tome, ima višedesetljetno iskustvo u provođenju poslijediplomskih znanstvenih studija. Prvi poslijediplomski znanstveni studij osnovan je 1958. (kaznenopravne znanosti), zatim 1961. (privredno/trgovačko/pravo; upravno-političke znanosti), 1962. (međunarodno javno, međunarodno privatno pravo i međunarodni odnosi), 1963. (državnopolitičke znanosti), 1989. (građanskopravne znanosti; fiskalni sustav i fiskalna politika) te 2000. (europsko pravo). Upisi u prvi tečaj akreditiranog doktorskog studija provedeni su 2006. godine. Nakon toga su upisi provedeni još i 2009., 2010., 2012., 2014. i 2016. godine. To znači da je dosad održano šest tečajeva (ciklusa) reformiranog doktorskog studija.

Funkcija doktorskog studija iz pravnih znanosti je sustavno inzistiranje na usvajanju znanstveno-metodološke izvrsnosti mladih znanstvenika i diseminacija rezultata znanstvenih istraživanja koja se provode na Fakultetu. U tom se području posljednjih godina težište sve više pomiče s predavanja i nastave na istraživački rad studenata.

Doktorski studij sastoji se od općih predmeta i studija smjera. Na doktorskom je studiju ustrojeno sedam smjerova: 

Europsko pravo 

Fiskalni sustav i fiskalna politika 

Građanskopravne i obiteljskopravna znanost 

Javno pravo i javna uprava 

Kaznenopravne znanosti 

Međunarodno javno pravo i međunarodno privatno pravo 

Pravo društava i trgovačko pravo